O SEST SENAT possui 17 Conselhos Regionais que têm a prerrogativa de exercer encargos de representação e coordenar as ações dos dirigentes das Unidades Operacionais.

O colegiado é composto por federações de empresas de transporte e transportadores autônomos e por um representante de cada um dos sindicatos de empresas de transporte e transportadores autônomos filiados à CNT, cujas bases territoriais abranjam, no todo ou em parte, a área de atuação do respectivo Conselho Regional. Também compõem o Conselho representantes dos trabalhadores em transporte indicados pelas entidades mais representativas. Confira a lista dos Conselhos Regionais do SEST e do SENAT: